Mons. Giancarlo Perego è nato a Vailate (Cremona) il 25 novembre 1960 ed è cresciuto ad Agnadello (Cr). Ha compiuto gli studi nel Seminario diocesano di Cremona, successivamente ha conseguito la licenza in Teologia sistematica presso la Facoltà Teologica dell’Italia Settentrionale e nel 1996 si è laureato in Teologia nella Pontificia Università Gregoriana.
È stato ordinato sacerdote il 23 giugno 1984 ed incardinato nella diocesi di Cremona.
Mons. Perego è stato Vicario parrocchiale di San Giuseppe al Cambonino dal 1984 al 1992; Segretario particolare di S.E. Mons. Giulio Nicolini dal 1993 al 1994; Direttore della Caritas diocesana dal 1997 al 2002; Vicedirettore della Caritas Nazionale e Responsabile del Centro Studi e dell’Archivio Storico dal 2002 al 2009; dal 2009 al 2017 è stato Direttore Generale della Fondazione “Migrantes”.
È stato, inoltre, Segretario particolare di S.E. Mons. Enrico Assi dal 1984 al 1992, Insegnante nel Seminario diocesano di Cremona dal 1996 al 2002; Docente all’Università Cattolica del Sacro Cuore - Sede di Cremona dal 1996 al 2002; Assistente diocesano del MEIC dal 1997 al 2003 e Assistente spirituale della FUCI dal 1997 al 2002. Dal 2009 è insegnante di Teologia dogmatica alla LUMSA e dal 2012 al 2016 è stato Consultore del Pontificio Consiglio della Pastorale per i Migranti e gli Itineranti. Dal 30 aprile 2009 è Cappellano di Sua Santità.
Ha pubblicato la sua tesi di laurea: “Un ministero tutto spirituale. La teologia del ministero ordinato nel giansenismo lombardo tra Illuminismo e Liberalismo (1755-1955)”. È stato Direttore delle riviste della Fondazione “Migrantes” e ha dato alle stampe diversi articoli e scritti di altro genere.
Dal 3 giugno 2017 è Arcivescovo di Ferrara-Comacchio e Abate di Pomposa.
Dal 2021 Mons. Gian Carlo Perego è diventato Presidente della Commissione episcopale per le migrazioni e Presidente della Fondazione Migrantes.